应与细菌感染、其他真菌感染及肿瘤等疾病相鉴别。如果在肺内发现球形阴影时，需将曲霉球与结核球、良性肿瘤、肺脓肿等相鉴别。在与其他疾病做鉴别时可以以组织活检为主，一方面在病理组织活检中发现曲霉菌丝、孢子对曲霉病的诊断有决定性意义;另一方面无论是细菌、真菌感染病亦或是肿瘤，做组织切片检查都是临床上常用的诊断手段，能很好地反映疾病性质。