Reiter综合征的病因及发病机制至今仍不甚清楚，目前大致可归纳为以下几种假说：

1.感染学说 因Reiter首次报道的病例血中分离出螺旋体，故Reiter当时怀疑本征是螺旋体所致的感染性疾病。罹患本征者多为青年男性，且常先有尿道感染征状及不洁性交或治游史，故后来有人怀疑本征与淋病、第四性病有关。如前所述，本征可能继发于非细菌性尿道炎或各种病原菌所致的痢疾。

2.遗传与免疫学说 因为本征患者有血沉增快，C反应蛋白阳性，IgG、IgA及α2球蛋白增高，而且非细菌性尿道炎或肠炎后可发生无菌性滑膜炎，提示免疫因素在发病机制中具有一定作用。但目前尚未证实本征与系统性红斑狼疮一样有普遍的体液或细胞免疫异常存在，本征关节炎可能不是由抗体或T细胞介导反应引起。