本病应与消化道肿瘤、胃癌、胃息肉、十二指肠溃疡、胆石症、胆囊炎、急性阑尾炎、肠梗阻、急性胃肠炎等鉴别。与肿瘤、癌症、息肉的鉴别可利用胃镜检查或活组织检查来进行，异尖线虫病的胃镜检查可发现有白色虫体，活组织检查有虫体、虫体角皮或肌层的切面。消化道肿瘤、癌症、息肉的胃镜检查有胃部肿块，活组织检查可见细胞异常增生。十二指肠溃疡常有上腹痛，有节律性，多为饥饿和夜间痛，进食后疼痛缓解。胆部疾病除了右上腹疼痛、发热、恶心、呕吐等症状外还常出现黄疸，还可以根据呕吐物中有无虫体加以与本病鉴别。肠异尖线虫病压痛范围广但无肌紧张，白细胞明显升高，但很少嗜酸性粒细胞增多，据此可与阑尾炎作鉴别。异尖线虫也可引起肠梗阻、胃肠炎症反应，故有效的鉴定方法是病原学检查。