1.硬下疳 似早期的腹股沟肉芽肿，可根据暗视野显微镜检查及梅毒血清试验加以区别。

　　2.性病性淋巴肉芽肿 与腹股沟肉芽肿不同之处为性病性淋巴肉芽肿主要表现疼痛性横痃，其病原体为沙眼衣原体。

　　3.软下疳 软下疳发病急，潜伏期2～5天，常多发，溃疡疼痛，腹股沟有痛性横痃，病程短，病原体为杜克雷嗜血杆菌，可以培养鉴定。

　　4.生殖器疱疹 与腹股沟肉芽肿不同，生殖器疱疹初起为多个小水疱，很快破溃成为浅表糜烂或溃疡，局部淋巴结可增大，其病原体为单纯疱疹病毒。

　　5.尖锐湿疣 肛周的腹股沟肉芽肿可误诊为尖锐湿疣，但组织涂片查到杜诺凡小体时可确诊。

　　6.阴茎、外阴、宫颈癌 一般做活检或手术后组织学检查可以鉴别。注意腹股沟肉芽肿有真皮高密度的细胞浸润，形成小脓肿，较多的浆细胞，以及巨噬细胞内的杜诺凡小体等特点。鉴别困难时可试用腹股沟肉芽肿治疗。

　　7.皮肤利什曼病(东方疖) 腹股沟肉芽肿发生在生殖器以外时，需要与东方疖鉴别，后者可破溃形成溃疡，愈合较慢，其病原体为热带利什曼原虫，组织病理学检查细胞内外可见较大的圆形或椭圆形利什曼-杜诺凡小体(LD小体)，应和别针状的杜诺凡小体区别。