鉴别诊断中主要是与缺铁性贫血相鉴别。慢性疾病性贫血时虽然血清铁也低，总铁结合力常低于正常，故转铁蛋白饱和度正常或稍低，血清铁蛋白及骨髓铁正常或增多。FEP在慢性病性贫血和缺铁性贫血时都是增加的，但后者增加得更高、更快。慢性疾病性贫血时的FEP增加常为缓慢的，在贫血严重时才明显。