别诊断首先与小螺菌鼠咬热相区别，此外与其他原因引起的皮疹相鉴别，如风疹、败血症、流脑及药物性皮疹等。哈佛希尔热还应与其他原因引起的腹泻、呼吸道感染相鉴别。念珠状链杆菌鼠咬热与小螺菌鼠咬热两者的病因、发病机制以及临床症状都很相似，但是由于引发疾病的病原菌不同，通过细菌培养检查科鉴别，此外也可以通过部分临床症状鉴别，如小螺菌鼠咬热游走性、多发性关节炎较少见，而念珠状链杆菌鼠咬热骨关节病变较多见。月其他感染性疾病(消化系统感染、皮肤感染、呼吸系统感染)的鉴别，也可通过临床症状、病史以及细胞培养检测等多种手段综合鉴别。