本病各期均宜注意与结核相鉴别。主要是靠培养及适当的血清学检查。原发性组织胞浆菌病的急性期应与其他真菌、病毒及细菌性、类脂质性肺部病变以及弥漫性间质性肺部纤维化相鉴别。急性播散性组织胞浆菌病有脾大、淋巴结病变、贫血及白细胞降低时，可如内脏利什曼病及淋巴瘤，应注意鉴别。还应与传染性单核细胞增多症、马尔内菲青霉病、布氏菌病、痢疾、戈谢病等相鉴别。当有皮肤及皮肤黏膜损害时，应与肿瘤、孢子丝菌病、梅毒、弓形虫病、细菌性蜂窝织炎、皮肤结核或其他系统性真菌感染等相鉴别。