宫外孕自然流产可以通过腹腔镜手术、输卵管切除术、甲氨蝶呤、米非司酮等方法进行处理。如果出现阴道大量出血、腹痛加剧等紧急情况，应立即就医以避免严重的并发症。

1.腹腔镜手术

腹腔镜手术是一种微创手术，在全身麻醉下通过小切口插入镜头和器械进入盆腔，直接观察异位妊娠部位并清除病灶。此方法适合子宫内膜异位症导致的继发性不孕、盆腔粘连等。

2.输卵管切除术

输卵管切除术是将患侧输卵管完全切除的一种手术方式，适用于输卵管严重受损无法修复者。如果患者有严重的输卵管积水或者输卵管积脓，并且经过保守治疗无效时，则需要及时进行输卵管切除术。

3.甲氨蝶呤

甲氨蝶呤主要通过干扰细胞分裂过程中的DNA合成来发挥作用，从而抑制滋养细胞增生，达到终止宫外孕的目的。对于早期未破裂的输卵管妊娠患者，可以使用甲氨蝶呤进行保守治疗。

4.米非司酮

米非司酮能够竞争性地拮抗孕激素受体，使蜕膜组织变性坏死，促进胚胎排出。该药可用于早期宫内妊娠的药物流产以及宫外孕的辅助治疗。

需要注意的是，以上提及的所有药物都需要在专业医生指导下使用。此外，针对宫外孕自然流产的情况，应密切监测病情变化，预防出血及感染的发生。