隐球菌属包括17个种和8个变种，在真菌分类学上归入半知菌亚门、芽孢菌纲、隐球酵母目、隐球酵母科。致病菌主要是新生隐球菌又名溶组织酵母菌(Torula Histolytica)。已报道可引起人类疾病的还有浅黄隐球菌、浅白隐球菌和罗伦隐球菌等，但很少见。