房间隔
房间隔（interatrial septum）由原发隔和继发隔发育而来，位于左、右心房之间，由心内膜、结缔组织和少量心肌构成，斜向左前方。房间隔前缘对向升主动脉，后缘与房间沟相对应。房间隔较薄，特别是卵圆窝处。房间隔缺损常发生于卵圆窝处。
室间隔
室间隔（interventricular septum）比房间隔厚，位于左、右心室之间，向左前下方倾斜，近心尖处渐变薄。室间隔侧面略呈三角形，前、后缘分别与前、后室间沟相对应，向右后上方与房间隔相续。由于室间隔凸向右心室，在与心长轴垂直的横断面上右心室腔呈新月形，左心室腔呈圆形。室间隔可分为膜部和肌部。
膜部
膜部（membranous part）为室间隔的后部，由致密结缔组织构成，呈卵圆形或圆形，面积约为0.8cm2。小儿室间隔膜部长约0.9cm，宽约0.4cm。成人室间隔膜部长约1.4cm，宽约0.8cm。膜部的构造类似腱膜，胶原纤维束分层，排列规则。在心脏标本上，可用拇指和示指捏及膜部。膜部上界为主动脉右瓣和后瓣下缘，前缘和下缘附着于肌部，后缘与房间隔相续。三尖瓣的隔侧尖附着于膜部，故膜部可借隔侧尖分为房室部（atrioventricular part）和室间部（interventicular part），房室部位于右心房和左心室之间，室间部位于左、右心室之间。室间隔膜部完全是房室部的出现率约为10%，完全是室间部的出现率约为8%。室间部是室间隔缺损的常见部位。