临床诊断舍格伦综合征患者常取腮腺或小唾液腺（主要是唇腺）做组织病理检查。
无论原发性还是继发性，腮腺组织病理表现的特点是：①淋巴细胞浸润腺实质，但不逾越腺小叶间的结缔组织，保持腺小叶的外形。②导管上皮过度增生，管腔扩张或完全闭锁，形成所谓的肌上皮岛。其周围环绕嗜伊红的基底膜样物质。③腺泡萎缩活消失。初期只是在导管周围有淋巴细胞浸润，随着病变发展，弥散性淋巴细胞完全置换腺组织，导管上皮增殖。这种组织病理表现Gowdin（1952）称之为“良性淋巴上皮病变”。必须指出的是这一名称纯粹是光镜下组织学表现的描述性名词，也不是舍格伦综合征特异性的病理诊断。Seifert对此种表现称之为肌上皮性唾液腺炎（myepithelial sialadenitis）。
必须澄清的一个问题是关于“恶性淋巴上皮病变”。1951年Hiderman等以“恶性淋巴上皮病变”报告以来，不断有类似报告。所谓“恶性淋巴上皮病变”意指良性淋巴上皮病变中的上皮部分发生癌变。然综观文献报告的病例绝大多数为男性，并不伴有舍格伦综合征和其他自身免疫性疾病。有明显的种族和地域上的特点，主要见于Eskimo和Alaska出生的人。1972年Arthand就指出所谓的“恶性淋巴上皮病变”是发生自导管上皮的间变性癌（anaplastic carcinoma），最好称之为“伴淋巴样间质的未分化癌”。不少学者赞同这一论点并放弃使用“恶性淋巴上皮病变”一名。1991年WHO唾液腺肿瘤病理分类中明确定名为“伴淋巴样间质的未分化癌”。2005年WHO又更名为“淋巴上皮癌”。