最常用的染色法有巴氏法（Papanicolaou stain）和MGG法（May-Grunwald-Giemsa stain）。另外苏木精-伊红染色（Hematoxylin-Eosin stain）也常用于细胞学染色。 巴氏染色的优点是能满意鉴别核的特性，能清楚显示细胞核膜、染色质分布，核仁清晰可见。并可显示细胞质嗜伊红或嗜碱情况，特别是对角化明显的表皮样细胞更能清晰显示。 MGG染色的优点是细胞质染色较佳，可以明确显示细胞外形、细胞间质和细胞质内含物，而细胞核的特性表现不如巴氏法。 HE染色的细胞学表现则不如前述两种方法。
Papanicolaou染色法
（1）将涂片依次放入90%、80%、70%、50%酒精及蒸馏水中各2分钟； （2）用苏木精（Harris Hematoxylin）染10分钟，取出后用自来水冲洗两遍；
（3）在1%盐酸酒精过1～2下，取出后在自来水中冲洗，然后置稀碳酸锂液2分钟，此时涂片转成蓝色；
（4）将涂片置入50%、70%、80%及90%酒精中各2分钟；
（5）置入橘黄G6染液中两分钟，取出后分两次置入90%酒精中各2分钟；
（6）在EA36染液中染两分钟，取出后分两次置入90%酒精中各2分钟；
（7）分两次置入无水乙醇脱水10～15分钟。若非急需可多置一段时间；
（8）分2～3次置入二甲苯中各2分钟，取出后用树脂及盖玻片封固待用。 整个染色过程约需1小时左右。
巴氏染色法试剂的配制：
（1）苏木精系常用染料，其配制方法不做介绍，并有成品可买到。
（2）橘黄G6（Orange G6）以橘黄G60. 5克溶于5ml蒸馏水中，待完全溶解后加入无水乙醇100ml及磷钨酸0. 015克，用时过滤。
（3） EA36，又称亮绿，由三种染料配制而成。 淡绿（light green SF yellowish） 0. 1克加95%酒精至100ml； 俾士麦棕（bismark brown） 0. 5克加95%酒精至100ml； 黄色曙红（eosin yellowish） 0. 5克加95%酒精至100ml。 然后取上述淡绿45ml、俾士麦棕10ml和黄色曙红45ml混合，再加入磷钨酸0. 2克、碳酸锂饱和液一滴即可备用。
（4）稀碳酸锂液：100ml蒸馏水加碳酸锂饱和液一滴制成。