错畸形的病因大体分为先天因素和后天因素两大类。这些因素影响或作用于颌面部骨骼、牙列、神经、肌肉和咀嚼系统软组织的生长发育，使其发生异常改变，继而形成错畸形。
遗传因素
一、种族演化
错畸形是随着人类的种族演化而发生和发展的。原始人类没有或很少有错畸形，而现代人则普遍存在。
由于生活环境的变迁，原始人从爬行到直立，直立后躯体重心改变，支持头部的颈背肌逐渐减弱。为适应头部平衡，颌骨逐渐退化缩小，颅骨因脑量的增大而逐渐扩大，演化成现代人颅面外形。
在人类进化过程中，由于火的使用，食物由生到熟，由粗到细，由硬到软，咀嚼器官的功能日益减弱，因而产生咀嚼器官的退化性缩小。
在人类进化过程中，咀嚼器官的退化、减少呈现出不平衡现象，即肌肉居先，颌骨次之，牙齿再次之，因而颌骨容纳不下所有的牙齿，导致牙量、骨量不协调，出现牙齿拥挤畸形。
二、个体发育
从个体发育来看，有的人牙齿排列比较整齐，上下牙齿的咬合关系在正常范围内，而多数人则有不同程度的错畸形，这与双亲的遗传有关。双亲的错畸形可遗传给子女，子女颌面像父母，这是表现在咀嚼器官常见的遗传现象。但有的子女并不完全像父母，这与变异和环境有关，故表现形式多种多样。
环境因素
一、先天因素
是指从受孕后到出生前，胎儿在生长发育过程中因各种原因所产生的影响。
母体因素：母亲妊娠时的状态，很大程度上决定了胎儿的发育。妊娠期母体的营养不良，缺少胎儿生长发育必需的钙、磷、铁等矿物质，以及维生素B、维生素C、维生素D等，都可造成胎儿颌骨发育不良或发育异常。
胎儿因素：正常状态下，胎儿在子宫内也承受着一定压力，因子宫大小及胎儿体位的变化，这种压力常成为异常的压力或变为外力，压迫胎儿某一部位。特别是子宫狭窄、羊水少对胎儿的影响更为明显，如羊水压力失常、羊膜病变、膝或腿压迫一侧面部、脐带缠绕等都可引起胎儿畸形。胎儿本身内分泌及新陈代谢失调，孕期或分娩时的损伤，也可能使胎儿发生畸形，表现为下颌前突、后缩或狭窄等。
二、后天因素
是指出生后由于环境因素以及其他尚未预测的因素造成的影响。
某些急性及慢性疾病：急慢性疾病对身体健康都有影响，尤其在儿童时期更能影响、颌面以及全身的生长发育。
佝偻病：由于幼儿紫外线照射不足，维生素D缺乏，以及钙、磷摄入失去平衡，导致骨骼发育异常或发生畸形。
内分泌功能异常：与错畸形有密切关系的是垂体和甲状腺，可直接影响到骨骼的生长发育。
营养不良：胚胎期营养不良和出生后的营养不良，都会影响儿童颌面部的生长发育。
三、功能因素
儿童的任何器官都需要合理的使用、适当地行使功能方可正常发育，口腔器官亦不例外。常见有部分儿童吃的食物过于细软，缺少足够的硬度，咀嚼功能得不到充分发挥，牙颌系统发育缺乏正常的生理性刺激，这是引起牙弓发育不良、牙齿拥挤的一个重要因素。
吮吸功能异常：母乳喂养能给下颌适当的功能性刺激，使下颌从远中向前调至中性位置。若人工喂养，由于奶瓶位置不当、喂养姿势不正确，或橡皮奶头大小不合适，会使婴儿下颌前伸不足或前伸过度，造成下颌远中错位或下颌前突畸形。
咀嚼功能异常：如果咀嚼肌未能充分使用，不能有效地发挥咀嚼功能，对、颌面部的功能刺激不够，使颌面部发育不足。
异常吞咽：婴儿时期，舌位于上、下牙槽嵴之间，与唇保持接触，进行吞咽，这是婴儿时期特有的生理现象。随着上、下颌骨的增大及牙齿萌出，使口腔扩大，吞咽方式亦随之变化，舌不再接触唇。如果婴儿时期的吞咽方式继续保留，吞咽时唇不能闭合，牙齿不能咬合，牙弓内外失去正常动力平衡，则形成异常吞咽，造成错畸形。
呼吸功能异常：正常的鼻呼吸功能，可保证颌面部的正常发育。若出现鼻部疾患，迫使以口呼吸代替鼻呼吸，常可引起及颌面部的发育畸形。
四、口腔不良习惯
常见口腔不良习惯有以下几种，均可造成错畸形的发生。
咬唇习惯：咬唇习惯有咬下唇、上唇和上牙覆盖下唇等情况。
吮指习惯：婴儿3～4个月起有吮拇指动作，属于生理性吮指活动，一般在2岁以后逐渐减少并自行消失。若持续到3岁以后，即可形成明显的错畸形。
舌习惯：舌习惯有伸舌、舔牙及吐舌之分。由于习惯性质不同，造成错的机制及症状各异。
啃物习惯：咬物固定在牙弓的某一部位，常形成局部小开畸形。
偏侧咀嚼习惯：偏侧咀嚼长期成为习惯，导致颊面两侧不对称。
睡眠习惯：儿童睡眠时，经常有手、肘或拳头枕在一侧的面部，这样有碍于面部的正常发育。
乳牙期及替牙期的局部障碍
乳牙过早缺失：乳牙不仅是儿童的咀嚼器官，而且在保持牙弓长度、引导恒牙萌出、促进颌骨发育及维持正常颌位关系起着重要作用。乳牙早失的原因以龋病最多，其次是外伤。由于乳牙早失的部位、时间不同，可产生邻牙倾斜、缺隙减小或消失，以致影响恒牙的正常萌出，形成错。
乳牙滞留：个别乳牙逾期不脱落者，造成继替恒牙萌出受阻，或埋伏阻生或错位萌出。
恒牙早萌：由于早萌的恒牙牙根发育不足，造成附着不牢，不能担负咀嚼功能，容易早失，引起邻牙移位。
恒牙早失：由于严重的龋病或外伤以及误拔导致恒牙早失，如不及时修复，容易造成邻牙倾斜、对颌牙伸长等导致错。
恒牙萌出顺序紊乱：多种原因均可影响恒牙的萌出顺序。一般认为，正常的恒牙萌出顺序形成正常的咬合关系，若萌出顺序异常，则可导致错。
乳尖牙磨耗不足：乳尖牙由于位置的原因，在咬合磨耗中，没有其他牙齿磨耗得多，因而高出咬合缘。咬合时，乳尖牙产生早接触，为了避免早接触，下颌自动向前或向侧方移动，从而形成假性下颌前突，导致偏或反。
