肾盏憩室应与肾盏积水、破入肾盏的肾囊肿、肾肿瘤及肾结核等相鉴别。肾盏积液常由肾盏漏斗部炎症狭窄或结石梗阻引起，造影显示肾盏扩大、失去正常杯口状，且位于肾盏的正常位置，而憩室则在肾皮质区;肾盏积液的漏斗部常较长，而憩室更接近集合系统，其邻近的肾盏仍保持正常的外形。肾囊肿破入集合系统时，常出现与肾盏憩室相似的征象，但囊肿与集合系统间的通道宽大，囊壁薄而光滑。肾肿瘤主要表现为肾盏受压变形、边缘不规则，常有充盈缺损。肾结核空洞边缘不整齐，常合并肾盏虫蚀样改变，结核空洞往往是多个同时存在。结合肾结核的临床表现及尿内抗酸菌检查，则可作出鉴别。肾脏B超和CT检查将有助于鉴别憩室、囊肿、肿瘤和结核。