1、感染：是所有外科手术共同的并发症。腰椎间盘摘除术除了可能并发手术切口感染外还有可能发生椎间隙感染。

2、大血管损伤：术中损伤到患者大血管，其中最常见的是经后路手术时损伤腹后壁的大血管。

3、神经损伤：由于手术部位距脊神经较近，手术中在硬膜外或硬膜内都有可能损伤到神经根。

4、粘连与瘢痕：手术部位的神经根与椎板切除后硬脊膜的暴露部分经常发生粘连与瘢痕，会给病人留下腰痛或神经根放射痛。

5、脊柱不稳：部分病人在手术后腿痛消失而腰痛持续存在，拍腰椎功能性运动X线片时，脊柱有明显的异常活动。

6、脏器损伤：血管损伤时有可能伴随其他的脏器损伤，比如膀胱、输尿管或小肠等。一经发现应立即剖腹探查，及时处理受到损伤的脏器，避免腹膜炎的发生。