1.低心排出量综合征  目前应用冷血心脏停搏液和改进手术技巧，三尖瓣闭锁病人在生理矫治术后出现低心排出量综合征逐年减少。一旦发生按上述方法处理，一般均能治愈。如经过处理后，中心静脉压仍持续高于18mmHg以上，心排出量仍低，则预计此并发症的病死率极高。此时应迅速寻找其原因如全腔静脉与肺动脉连接在某处产生阻塞或有重度二尖瓣关闭不全等进行处理。即使找不到原因，亦应拆除心内隧道或心外管道，保留双向腔肺动脉分流术和（或）加用体-肺动脉分流术。

2.灌注肺  极少数病人因呼吸肌肉张力差和早期拔管产生低氧血症或体外循环灌注中缺氧，特别是严重发绀病人在术后肺血流增多和肺毛细血管渗透度增加容易产生灌注肺。灌注肺发生后动脉血氧饱和饱和度迅速下降，PCO2上升以及气管内吸出血痰，甚至喷血等典型症状。治疗灌注肺主要是气管内插管，应用呼吸末期正压（PEEP）辅助呼吸，呼吸正压为8～10cmH2O。严重者应用东莨菪碱或654-2和激素静脉注射。经胸部平片显示两肺云雾样片状阴影消失后，每12h减少呼气末正压1cmH2O，直至正常辅助呼吸，仔细观察1～2d后，拔出气管内插管。切勿性急，降低呼气末期正压太快，则可出现反复发作灌注肺的喷血现象，加重病情，延长住院时间或甚至致命。

3.胸腔积液和乳糜胸是全腔静脉与肺动脉连接术后常见的并发症，前者与心房钠利尿肽减少和补体及抗利尿激素增多，特别是与腔静脉压力增高有关；后者多由于胸腺创面渗出乳糜所致。应用开窗术后此并发症明显减少和持续时间缩短。术后早期胸腔积液较多，可延长胸腔引流时间。如术后半个月到1个月又出现胸腔积液，则做反复胸腔穿刺和闭式胸腔引流。术后乳糜胸多可用闭式胸腔引流治愈。

4.术后最常见的心律失常为室上性心动过速，可应用洋地黄治疗，并适当补充氯化钾。出现频繁室性早搏，可用利多卡因持续静脉滴注。有心脏传导阻滞者，应用暂时性心脏起搏。

5.术后低氧血症可能与左上腔静脉引流入左心房有关，或因肺不张和肺间质水肿等引起肺内动静脉分流。前者应再手术进行左上腔静脉远端与左肺动脉上缘切口端侧吻合。后者应寻找原因，采用雾化、吸痰和延长辅助呼吸时间或加用呼气末期正压，以及控制入量和应用利尿药等。

6.心力衰竭  术后应用洋地黄和利尿药1个月。

7.急性肝功能障碍  在术后一个月内时有发生，其发生原因可能与低心排出量和腔静脉压力升高而致的肝淤血和肝血流灌注不足有关。一般随着心功能好转而肝功能改善，严重者应用去血浆法加以治疗。

8.蛋白丢失肠病（protein losing enteropathy）  此症与腔静脉压升高而致淋巴管引流不畅或阻塞以及门静脉回流障碍有关，从而大量淋巴液从肠道排出。此并发症在传统Fontan手术后发生较多，而在全腔静脉与肺动脉连接发生较少。一旦在传统改良Fontan术后发生蛋白丢失肠病，可用心外管道Fontan手术治疗。在全腔静脉与肺动脉连接术后发生蛋白丢失肠病时，则应用洋地黄和利尿药以及静脉补充血浆或白蛋白等治疗。

9.心房内侧隧道和心外管道Fontan手术后亦可产生血栓栓塞等并发症，经检查病人血浆内蛋白C和蛋白G减少而第Ⅷ因子增加，所以有些单位主张术后终身抗凝。