1.复发  囊肿或瘘管切除复发率为3%～4%，1999年有作者报告110例甲状舌骨囊肿术后复发与术式不同有关，仅作甲状舌骨囊肿切除而未作切除舌骨的有33.3%复发；切除甲状舌骨囊肿及舌骨、仅在舌骨上方0.5cm处切断结扎瘘管者有5.1 %复发；将瘘管、舌骨及舌骨上窦道与其周围的肌肉组织一并切除高位结扎者无1例复发。

2.误切异位甲状腺  术前疑有异位甲状腺时应常规作甲状腺放射性核素扫描，以了解甲状腺的位置，如无条件时术中应仔细探查正常甲状腺部位的甲状腺组织或术前作B超，术中发现异常组织时应作活检冰冻切片；如证实已将异位甲状腺切除时，应立即将其切成薄片自体移植于颈部或大腿内侧肌肉内，以减轻术后甲状腺功能低下的程度，但仍需终生口服甲状腺素片。