1.食管下段穿孔是一严重并发症。主要由于在剥离食管下端时的损伤所致。文献报道的发生率低于0.5%。穿孔发生后，如能在手术中发现并及时修补，预后较好。否则术后会招致严重的膈下感染或纵隔炎。一旦发生这类情况，应再次手术。

2.胃小弯缺血坏死、穿孔。在开展高选择性迷走神经切断术的初期有过一些报道，认为与手术中胃小弯分离过广、过深、破坏了局部的血流供应有关，发生率低于0.4%。一旦发生胃小弯缺血坏死、穿孔，病死率高达50%。临床表现为严重的腹膜炎症状。应立即再次手术处理。近几年来这一并发症已不多见。实际上这种胃壁的局部坏死穿孔可能与手术损伤胃壁有关。

3.手术后出血。文献报道迷走神经切断术后腹腔内出血的发生率为0.3%～0.8%。主要原因是术中血管结扎不妥，也有医源性损伤，如因牵拉引起脾破裂、肝左叶损伤等。一旦发生，应立即再次手术止血。