1.肛瘘手术成功的关键在于  ①正确找到内口；②切开或切除全部瘘管，包括主管、支管和交通管；③正确处理好括约肌与瘘管的关系；④术后创口引流通畅。以上条件缺一不可，否则会导致手术失败或造成严重的后遗症。

2.肛管括约肌切断问题  术中应仔细摸清探针位置与肛管直肠环的关系，如探针在肛管直肠环下方进入，虽全部切开瘘管及大部外括约肌及相应内括约肌，由于保存了耻骨直肠肌，不会引起肛门失禁。如探针在肛管直肠环上方进入直肠（如括约肌上肛瘘、括约肌外肛瘘），则不可做瘘管切开术，应行挂线疗法或挂线分期手术。第1期将环下方的瘘管切开或切除，环上方瘘管挂上粗丝线，并扎紧。第2期待大部分外部伤口愈合后，肛管直肠已粘连固定，再沿挂线处切开肛管直肠环。