粪便中细菌极多，占干重的1/3，多属正常菌群。　　健康婴幼儿粪便中主要有双歧杆菌、拟杆菌、肠杆菌、肠球菌、葡萄球菌等。　　成人粪便中以大肠埃希菌、厌氧菌和肠球菌为主要菌群，约占80%;产气杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌等多为过路菌，不超过10%。　　芽胞菌(如梭状菌属)和酵母菌，总量不超过10%。　　粪便中菌量和菌谱平时处于相对稳定状态，并与宿主间保持着生态平衡。　　粪便中球菌(革兰阳性菌)和杆菌(革兰阴性菌)的比例大致为1∶10。

(1)长期使用广谱抗生素，免疫抑制剂及慢性消耗性疾病的患者，粪便中球/杆菌比值变大。 　　(2)在一定条件下，有些正常菌群的细菌也能致病，称为条件致病菌，如受凉或过度疲劳，抵抗力低下等。 　　(3)革兰阴性杆菌严重减少，甚至消失，而葡萄球菌或真菌等明显增多，常提示有肠道菌群紊乱或二重感染。此种菌群失调症称伪膜性肠炎，涂片常为革兰阳性葡萄球菌梭状芽胞杆菌(培养为金黄色葡萄球菌难辨芽胞梭菌等)，次为假丝酵母菌。