病因尚未完全明了，可能与以下因素有关。

(一)脑功能异常 根据近代研究，特殊学习不能多为先天性脑发育上的异常所致。另外，一些病人属家族性的。

1.遗传因素 小儿的个性、智力均受遗传的影响，部分学习不能儿也有家族倾向。另外，某些染色体病、遗传代谢病也与学习不能有关。例如部分Ducheme肌营养不良，XXY综合征和XXX综合征患儿，智商虽可大于70分，但通常有言语障碍，特别是阅读和拼写功能;Turner综合征患儿智力一般正常，但操作性智商多偏低，画人试验、数学计算、左右分辨多有困难。

2.妊娠因素 胎儿慢性低氧血症，宫内发育迟缓，分娩前出血，妊娠毒血症时，小儿长大后可能与其多动学习障碍、注意力分散、视觉-空间障碍等有关。妊娠期间感染、理化因素、特别是酒精、烟及其他成瘾性药物可导致小儿学习不能。

3.疾病 小儿早期患营养不良时，可能引起识别力和注意力方面的缺陷;糖尿病、风湿性关节炎、贫血等都会使小儿学习成绩下降，记忆力、视觉-空间运动功能、动手能力以及手眼协调等发生障碍。

(二)药物 巴比妥盐类、三环类抗抑郁药、茶硷、苯妥英钠、安定、利眠宁等可引起多动。常用的食品添加剂及着色剂酒石黄偶可引起多动。被动吸烟认为是多动，学习成绩不良及某些躯体问题的一个原因。

(三)心理因素 父母及学校对儿童要求过高或相互矛盾可造成小儿心理上的冲突。儿童学习上的紧张情绪、怕失败以及完成学业的强迫性愿望等可使儿童在心理上产生焦虑、紧张、阻滞、不感兴趣等。各种心理因素可破坏儿童主动学习的企图，影响了选择性注意、记忆及认识活动，从而招致学习问题。

(四)环境因素 父母对儿童学习漠不关心;或因暂时学习成绩不好受歧视，打骂;或性别歧视;或父母酗酒、家庭磨擦、父母离异;或父母的其它不良榜样等都可造成小儿多动、注意力不集中、情绪低落及缺乏安全感。父母的教育水平及其对子女的教育方法也直接影响着小儿的精神状态。以上诸多因素影响着儿童学习潜力的发挥，从而造成学习问题。