唾液腺内镜探查的并发症主要包括导管损伤、术后腺体肿胀疼痛及感染等。导管损伤主要表现为管壁侧穿,往往是由于导管狭窄或导管迂曲时强行插入探针或内镜,镜下往往可见到撕裂的组织腔道或发黄的脂肪组织,且可感觉到注射冲洗液及进一步插入的阻力较大,这时需要及时发现并回抽内镜,往往可发现管壁穿通处,然后可在导丝引导下调整,直到进入正常的导管腔。较小的管壁侧穿术后一般反应较轻微,不需要特殊处理,如果是由于球囊扩张或较粗的内镜造成的粗大穿孔,术后可因为瘢痕挛缩造成导管狭窄甚至闭塞,故应尽量避免;一旦发生,检查完成后应于导管内放置支撑导管,维持1~2周,待管壁损伤愈合后再取出,可减少导管狭窄发生的风险。