真菌检查是通过直接镜检的方法，找到菌丝和孢子，以供初步诊断一种检查方法。 对于有黏膜损伤，深部组织损伤，全身播散性感染，念珠菌肠炎，播散性组织胞浆菌病等症状者的诊治意义重大。
直接镜检
【采集标本】 采取标本是检验能否取得正确结果的关键。根据临床表现选取相应的标本。 鳞屑、菌痂：用钝刀刮取病损边缘的鳞屑。 病甲：先清除甲表面游离的污物，取甲板下靠近甲床上部的甲屑。 脓汁，渗出物及各种分泌物：直接用棉拭子采取。 毛发：用镊子拔取失去光泽和绕有菌鞘的病发、断发。 脑脊液、腹水、尿液、应离心后取沉淀。 放线菌病：寻找硫磺样的颗粒。
【制片】 1. 将采集的标本置于载玻片上，加1滴10%氢氧化钾溶液，盖上盖玻片， 2. 微微加温，避免煮沸，驱逐水泡，轻轻压薄成云雾状，吸去溢液，先置低倍显微镜下观察找到菌丝和孢子后，再用高倍镜证实。
【镜下观察】 菌丝在镜下粗细一致，绿色折光，有分隔，胞浆均匀，胞浆内可见大小不等的颗粒。孢子多为圆形或卵圆形，大小一致，可见孢浆内结构。 (2)墨汁涂片：用于检查隐球菌及其他有荚膜的孢子。方法是取一小滴墨汁与标本(如脑脊液)混合，盖上盖玻片后直接镜检。 (3)涂片或组织切片染色：涂片染色可更好地显示真菌形态和结构。革兰染色适用于白念珠菌、孢子丝菌等;瑞氏染色适用于组织胞浆菌;组织切片通常用PAS染色，多数真菌可被染成红色。